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ある特定のソフトをスタートアップに登録するためのプログラムは
どのように作ればいいのでしょうか？

sysinfo関数を使ってスタートアップディレクトリの位置を調べれば良いと思います。
スタートアップのCSIDL値は0x0007なので、dirinfo(0x10007)とすればスタートアップディレクトリの位置が取得できますよ。

ショートカットはfxlinkで作成できます。DLLを使いたくない場合は、COMを利用することもできます。プログラミング・マニュアルの「COMコンポーネント呼び出し」を参照してください。

// hsp3のエディタをスタートアップに登録

#include "hspext.as"
    name = "hsed3"
    chdir dirinfo( 0x10007 )    // スタートアップディレクトリをカレントディレクトリに設定
    fxlink name, dir_exe + "\\hsed3.exe"
    end

参考：http://yokohama.cool.ne.jp/chokuto/urawaza/prm/CSIDL.html

ellerさん　ありがとうございます
sysinfo関数で、そのように調べるのですね

加えてCSIDL値の一覧も載せていただいて
本当にありがとうございます。

いえいえ。あの一覧はちょくとさんが作成されたもので、私は検索して持ってきただけですので。
ちょうど今日配信されたHSPメールマガジンの「HSP3ワンポイントテクニック」でdirinfo関数が紹介されていますので、参考にしてみてください。