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その通りです。
プログラムがストップまでいっちゃってから代入されちゃうので
ifにひっかかりません。
また、最後にプログラムの最初にもどるようにすると
チカチカそれに重くなるのは避けたい。
どうすればよいでしょうか？

そんなときにoncmdを使うと便利です。

x=1
combox x, , "A\nB\nC"
oncmd gosub *WM_COMMAND, $111
stop
*WM_COMMAND
	color 255, 255, 255 : boxf : color
	pos 100, 100 : mes "現在の状態："+x
return

WM_COMMANDメッセージを受け取ることで変更が分かります。
ただ、これを使うとクリック時に2回、選択時に1回、選択完了時に2回の
通知が来ますので最後の通知を取得しないといけません。
上記スクリプトのように使えば問題ありませんが。

メーセージidとはなんでしょうか

メッセージIDは何かしら操作をするとwindowsから帰ってくる
実況みたいなものでしょうか・・・

ソースが無いのであまりよく分かりませんがチラつきの原因は多分アレです。
オブジェクト(comboxなど)は標準の描写命令とかなり違ってくるものなので
描写・・・というより設置は頻繁に行うものではないです。
また、画面を書き換えたい場合はboxfでは塗りつぶせませんので
clsで画面を初期化する必要があります。


質問者様はifが反応しない原因がわかっているようなので、もう少しですよ。

オブジェクト設置
repeat
主な処理
wait 1
loop

オブジェクトで使われている変数は、常に更新されているので
ループの中に入れる必要はありません。

的外れだったらごめんなさい。

ありがとうございます