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こんにちは。
配列変数で、０が入ってるところは飛ばして中身を整理させたいのですが、、
r(0)=1 r(0)=1
r(1)=2 r(1)=2
r(2)=0 => r(2)=3
r(3)=3 r(3)=0
r(4)=0 r(4)=0
こんな感じです。

どうもうまくできません。どうすればいいのでしょうか？

並べ替え自体が完成してるなら、
かんたんなのは、並べ替えの前に

repeat （要素数）
if r(cnt)=0 : r(cnt)=0x7fffffff
loop

とでもしておき、並べ替えの後に

repeat （要素数）
if r(cnt)=0x7fffffff : r(cnt)=0
loop

…ということをすれば できます。
※ただし 配列の要素に 0x7fffffff が混じってたら使えませんね。

配列変数から変数名を変えずに0を取り除くサンプルです。
実際に作業しているところは3行程度です。

r=0,0,0,0,0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,0,1,2,3,4,5,6,7,7,0,4,3,2,5,7,7,8,5,5,4,4
p=35
title "配列変数から変数名を変えずに0を取り除くサンプル（横暴？）"

mes "↓元の配列"
repeat p
pos cnt*16,20
mes r.cnt
loop

//実際の作業ルーチン
i=0
repeat p
if r(cnt)=0:r(i)=r(cnt):else:r(i)=r(cnt):i++
loop
//終了


repeat i//iに新しい配列の要素数が代入されています。
pos cnt*16,40
mes r.cnt
loop
pos 0,56:mes "↑変更後の配列"

サンプルに抜いた数だけの０を後ろから入れていくことにより解決しました。
ありがとうございました。

//実際の作業ルーチン
i=0
repeat p
if r(cnt)=0:r(i)=r(cnt):else:r(i)=r(cnt):i++
loop
repeat p-i
r(p-cnt-1)=0
loop
//終了

>if r(cnt)=0:r(i)=r(cnt):else:r(i)=r(cnt):i++
if r(cnt)!=0:r(i)=r(cnt):i++