HSP3Dish.jsがIndexedDBに対応したのは以下の時点からですね:
https://github.com/zakki/openhsp/commit/79dbc4dd9647aaae062573e4fd73e48d73315d71
IndexedDBに保存したファイルは、エクスプローラではアクセスできません。
感覚としては、ブラウザのクッキーのようなものだと思います。
ブラウザでWebサイトにアクセスすると、ブラウザ上にWebサイトごとに専用の入れ物が用意されるので、そこへファイルを保存するような感覚です。
(IndexedDBはブラウザ上で動いているデータベースの一種です。
HSP3Dish.jsでは、EmscriptenのIDBFSという機能を用いて、データベース上にファイルシステムを構築しています。
例えば、Google Chromeで
http://hsproom.me/program/view/?p=74 を開き、画面上でタッチをした後、
メニューから「その他ツール...」->「デベロッパーツール」を開き、「Applications」というタブを確認してみてください。
下の画像のように、保存されているファイルが確認できると思います。
https://www.fastpic.jp/images.php?file=3841635577.png )