他プロセスにDLLを注入することで可能になります。たぶん。
あるプロセスがDLLを呼び出してもタスクマネージャに変化はありませんよね。
ですが、そのプロセスを終了するとDLLも同時に終了してしまいます。
つまり、終了させたくない動作をするDLLを、動作し続けるであろう他のプロセスのものに
してやればいいわけです。(例えばcsrss.exeなど。)
下の関数を利用することで他プロセスにスレッドを作成します。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc429075.aspx
あまり詳しく説明してしまうと悪用がどうだのと言われそうなので概要だけ説明しました。
やり方から分かるように、この方法だとDLLを調べられるとバレてしまいます。
LoadLibraryを呼び出させてもマッピングされればバレますので
完全に隠蔽するのは非常に難しいでしょう。
ルートキットの技術とかを調べると以外にできるかもしれません。