コンテストの運営側は作品の違法性・健全性等の判断を
実際の作品内容を見た後にしかできませんので
応募される作品の内容の健全性・正当性については
基本的に作品の製作者に判断・証明してもらうしかありません。
そういった理由から
コンテストに応募するに相応しい作品として疑わしい点がある
と認識しているのであれば応募しない
のが一番望ましい対応だと思いますが、せっかく作った作品を
多くの人に見てもらいたいという気持ちも理解できます。
であれば自分で対応できる限りの対策を打つ
・流用素材を安全な利用規約のフリー素材に入れ替えるか自作する【※重要】
・元作品と全く同じアルゴリズムを使わない・操作性を変更する
・怪しいと思われる要素を削除する
等の努力はするべきでしょうね。
これらを全部しろとまでは言えませんが
そうした努力の形跡を見せる事が大事だと思います。
他作品との相似性についてはどれだけ努力して自分独自のものを
考えたとしても、何かしらの指摘をされてしまう事もあるので
あまり気にしすぎても仕方がありません。
そこで悩んで手を止めるよりはまず作っている作品を完成させる
事の方がこの先も作品制作をしていく上で貴重な経験となるはずです。
コンテストの開始まではまだ時間があるので
上に挙げた要素に注意しつつ頑張ってみて下さい。