ざっと見た感じhspdxfixではαチャンネルつきPNGには対応していないようですね。
2D用プラグインではちょっと分かりません。
3D用のプラグインは大抵アルファチャンネル付きPNGに対応しています。
むしろ対応して無いと使い物になりませんからね。
3D用プラグインを使っても2Dゲームのような表現が擬似的に可能です。
板ポリゴンにテクスチャ貼り付けて、ZX平面に配置。
カメラをY軸方向に離れたところにおいて、
カメラの方向を常にZX平面に垂直にする。
あとはパースを調整して遠近感をなくせば、擬似2Dになります。
ちなみに、「gmode 7」を上手く使えばプラグインなしでもジャギをなくすことが出来ます。
> GDI+とか?
HSPでGDI+といえばこれ。
http://sprocket.babyblue.jp/html/hsp_artlet2d.htm