私の環境(Win10Pro64bit)では、joyGetPosExが機能しなくなるという現象は起きてないです。
ただ使用しているモジュールがmod_joystick.asですが内部的にはjoyGetPosExを使用しています。
下記の単純なスクリプトでstatは何を返しますか?
またパッドのボタンを押したとき、nの値は変わりますか?
あとPADIDが0でなければ、ご自分の環境の番号にしてください。
#include "hspsw.as"
#include "mod_joystick.as"
PADID = 0
steaminit : res=stat
if res : dialog "STEAM環境がありません。終了します。("+stat+")" : end
*main
redraw 0
color 255,255,255 : boxf : color 0,0,0
jstick n, PADID
pos 0,0 : mes "stat:" + stat + " n:" + n
redraw 1
await (1000 / 60)
goto *main