確認してみましたが再現できませんでした。
本体もしくは、SDK等のバージョンによるのかもしれません。
確認に使用したソースものせておきます。
#include "hsp3dish.as"
filename = "save.txt"; // ファイル名
txt = "1"; // データ内容を"1"にする
notesel txt;
buf = "データの初期内容\n"+txt+"";
notesave filename; // 保存
txt = ""; // 一旦初期化
noteload filename;
buf += "\n\n読み込んだ内容\n"+txt+"";
txt = "2"; // データ内容を"2"に変更する
buf += "\n\nデータの内容\n"+txt+"";
notesave filename; // 再度保存
txt = ""; // 一旦初期化
noteload filename;
buf += "\n\n再度読み込んだ内容\n"+txt+"";
redraw 0;
color 0, 0, 0: boxf;
color 255, 255, 255: pos 0, 0;
mes buf;
redraw 1;
stop;