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execで実行したプログラムを終了させるにはどうしたらいいでしょうか？

execで実行でなくてもよい。

ウィンドウハンドルを検索して、終了処理を発生させる方法です。
ウィンドウハンドルを検索する方法は。
hspext の apisel や、user32 の findwindow 等色々あります。

#include "user32.as"

onexit*exit_
exec"notepad"
button gosub"メモ帳を終了",*close

*@
	findwindow"notepad",0	:fw_=stat
	GetForegroundWindow	:fg_=stat
	logmes strf("%d,%d",fw_,fg_)
	if(fw_==fg_):htarget = fw_:goto*@f
	wait 1
goto*@b
*@
	stop
*exit_
	gosub *close:end
	return

*close
	#define WM_SYSCOMMAND	$00000112
	#define SC_CLOSE	$0000F060
	//	windowに、終了ボタンを押した際の処理を発生させる
	sendmsg htarget , WM_SYSCOMMAND , (SC_CLOSE&0xFFF0),0
	return

ありがとうございました。

このスクリプトを例にまたいろいろ調べてみようと思います！

記入もれが有ったので追記させていただきす。

calc や notepad など終了動作が保障されている。実行ファイルなら、良いですが。
動作が保障されていない実行ファイルも有ります。
過信は禁物だと思います。