EXEファイルに"VS_VERSION_INFO"というIDのものがあり、
そのなかに情報が入っているようです。
取得する方法としましては、
GetFileVersionInfoSize, GetFileVersionInfo, VerQueryValue APIを使うのがよいようです。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc364631.aspx MSDN : GetFileVersionInfo
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc364858.aspx MSDN : VerQueryValue
http://www.ne.jp/asahi/hishidama/home/tech/vcpp/version.html バージョン取得 メモ (VC++用)