以上の操作を行うと今回のバグが再現できます。
エディタを直接立ち上げます ↓ 開くダイアログを出します ↓ その状態で既存のHSPファイル等を開きます ↓ 開くダイアログを何もせずに閉じます
で、どういったことが起きるというと、エディタ内部のカレントディレクトリが狂うようです。
実際、上書き保存を押すと既にファイルがあるにもかかわらず、名前を付けて保存ダイアログが表示されます。
(※HSPファイルが「ドキュメント」フォルダにある場合を除く)
また、スクリプトを実行すると、こちらもカレントディレクトリがおかしくなり、HSPファイルと同じディレクトリ内にあるファイルやディレクトリが相対パスで参照できなくなります。
(※chdir等でカレントディレクトリを移動する場合を除く)
完全に他力本願ですが、有志の方かおにたまさんか、修正できたら修正して頂けたらと思います。。。
(投稿しておいて、仕様もない投稿して申し訳ない気分に。。。)