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1年未満の初心者です。以下は左クリックで選択と解除を行い、選択した状態で右クリック
するとその部分のマスに移動するというスクリプトです。その課題はクリアしていますが
同じマスに重複しないようにすることがどうしてもできません。マスの位置の指定方法が
問題だと思うのですが解決方法を教えてください。よろしくお願いします。

	size = 50
	pitch = 70
	linx = 200
	liny = 100

	buffer 1, size*2, size	
		color 0, 0, 255 : boxf 0, 0, size, size
		color 255, 0, 0 : boxf size, 0, size*2, size	
		
	screen 0, 640, 480 : boxf
	
	repeat 4
		ax(cnt) = 0 + pitch*cnt
		pos 0 + pitch*cnt, 0
		gcopy 1, 0, 0, size, size	
		flag(cnt) = 0
	loop
	
	repeat 3
		color 255, 255, 255
		line linx, liny + pitch*cnt, linx + pitch*2, liny + pitch*cnt
		line linx + pitch*cnt, liny, linx + pitch*cnt, liny + pitch*2
	loop
	
*main
		stick key
			repeat 4

				if key = 256 {
					if ax(cnt) <= mousex & mousex <= ax(cnt) + size & 0 <= mousey & mousey <= size & flag(cnt) = 0 {
						pos ax(cnt), 0
						gcopy 1, size, 0, size, size
						flag(cnt) = 1
					} else : if flag(cnt) = 1 {	
						pos ax(cnt), 0										
						gcopy 1, 0, 0, size, size
						flag(cnt) = 0		
					}
				}
	
				if key = 512 {
					repeat 2
						if linx + pitch*cnt <= mousex & mousex <= linx + pitch*(cnt + 1) : bx = linx + pitch*cnt + 10
 						if liny + pitch*cnt <= mousey & mousey <= liny + pitch*(cnt + 1) : by = liny + pitch*cnt + 10
 						if linx > mousex | mousex > linx + pitch*2 | liny > mousey | mousey > liny + pitch*2 {
	 						goto *main
	 					}
					loop

					if flag(cnt) = 1 {
						pos bx, by										
						gcopy 1, 0, 0, size, size
						color 0, 0, 0
						boxf ax(cnt), 0, ax(cnt) + size, size
						flag(cnt) = 2
					}	
				}
			loop
		await 1
	goto *main

右クリックして移動するときに、そのマスに既にあるかどうかをifで判定すればいいのではないでしょうか？

その「既にあるかどうか」の判断方法が分かりません。
すみません、スペースさん。

横から失礼します。
非常に簡単です。

	size = 50
	pitch = 70
	linx = 200
	liny = 100

	buffer 1, size*2, size	
		color 0, 0, 255 : boxf 0, 0, size, size
		color 255, 0, 0 : boxf size, 0, size*2, size	
		
	screen 0, 640, 480 : boxf
	
	repeat 4
		ax(cnt) = 0 + pitch*cnt
		pos 0 + pitch*cnt, 0
		gcopy 1, 0, 0, size, size	
		flag(cnt) = 0
		flag2(cnt) = 0	// 0,1
						// 2,3
						//マスの状態を記憶する変数。(0,1) = (free, dominated)
	loop
	
	repeat 3
		color 255, 255, 255
		line linx, liny + pitch*cnt, linx + pitch*2, liny + pitch*cnt
		line linx + pitch*cnt, liny, linx + pitch*cnt, liny + pitch*2
	loop
	
*main
		stick key
			repeat 4

				if key = 256 {
					if ax(cnt) <= mousex & mousex <= ax(cnt) + size & 0 <= mousey & mousey <= size & flag(cnt) = 0 {
						pos ax(cnt), 0
						gcopy 1, size, 0, size, size
						flag(cnt) = 1
					} else : if flag(cnt) = 1 {
						pos ax(cnt), 0										
						gcopy 1, 0, 0, size, size
						flag(cnt) = 0		
					}
				}
	
				if key = 512 {
					repeat 2
						if linx + pitch*cnt <= mousex & mousex <= linx + pitch*(cnt + 1) : bx = linx + pitch*cnt + 10
 						if liny + pitch*cnt <= mousey & mousey <= liny + pitch*(cnt + 1) : by = liny + pitch*cnt + 10
 						if linx > mousex | mousex > linx + pitch*2 | liny > mousey | mousey > liny + pitch*2 {
	 						goto *main	//ここがまずい。breakした後でmainにgotoするように変えるべき。
	 					}
					loop
					ID = (by-liny-10)/pitch*2 + (bx-linx-10)/pitch	//右クリックされたマスのID

					if flag(cnt) = 1 & flag2(ID) = 0 {
						pos bx, by										
						gcopy 1, 0, 0, size, size
						color 0, 0, 0
						boxf ax(cnt), 0, ax(cnt) + size, size
						flag(cnt) = 2
						flag2(ID) = 1
					}	
				}
			loop
		await 1
	goto *main

とりあえず応急処置した感じです。忙しいので詳しい説明は省きます。コメントみればそこそこわかるかと。

あと、状況の管理方式がマズいので構造を考え直した方がいいでしょう。

サンプルを貼りたかったのですが正直プログラムの流れがよくわからず・・・
もう少しコメントなどを詳しく書いていただけると嬉しいです。

FunnyMaker様　ありがとうございます。望みどおりになりました。
なぜそうなるのかはこれからじっくりと検討してみます。
お忙しいところお手数掛けて申し訳ありませんでした。