win32APIを利用したタイマーならAltの影響を受けませんでした。
#uselib "user32.dll"
#func SetTimer "SetTimer" int,int,int,int
#func KillTimer "KillTimer" int,int
screen 0
SetTimer hwnd,1234,100,0//100ms秒間隔でタイマーをセット(1234は適当な識別子,これにより複数タイマーをセットできる)
oncmd gosub *WM_TIMER,0x0113//タイマー割り込み
onexit *exit//終了時
stop
*WM_TIMER
//wparamに反応があったタイマーの識別子が入っている
if wparam=1234:gosub *main
return
//メインループ部分
*main
redraw 0
color 255,255,255:boxf:color
pos 0,0:mes count
redraw 1
count++
return
*exit
KillTimer hwnd,1234//タイマー破棄
end