一応参考として簡単に思いつくことを書いておきます。
HSPで自分のスクリプトを作成中、末尾に一時的に以下のような記述をいれて
レイアウトのための座標を知ることできます。
repeat
title " x="+mousex+" y="+mousey
wait 1
loop
これより進めようと思ったら、つぎはonclick命令とnote命令を使って、
画面上をクリックしていった記録を保存するようにできます。
(直接クリップボードにいれてもOK)
さらに進めると、notesaveで作成したテキストデータの各座標を
おなじテキスト形式であるスクリプトソース(.hsp)のpos命令に相当する場所に置換してやります。
HSPでもできるし、よくわからなければ他のエディタソフトの自動処理を使ってもよいです。
スクリプトソース内に、自分でルールを決めて置換用コメント(マーク)をつけておくと、
安全に置換できると思います。
あとはこれらのインターフェイスをグラフィカル(画像をつかってわかりやすいものにする)
にしていけば、そして一括処理(できればリアルタイム更新)できるタイプにしていくことができれば、
開発効率をあげるかもしれないレイアウトツールが完成するかも。